Với vai trò Bộ trưởng Bộ Khoa học và công nghệ (KH&CN), bị can Chu Ngọc Anh khi đó đã hỗ trợ, giúp đỡ đắc lực để biến đề tài nghiên cứu của Nhà nước thành đề tài của Công ty Cổ phần Việt Á (Công ty Việt Á), hỗ trợ cho Phan Quốc Việt "ngoáy mũi ra tiền".
Ngày 27/8/2020, Phan Quốc Việt liên lạc qua ứng dụng Viber cho ông Chu Ngọc Anh hẹn gặp nhưng ông Chu Ngọc Anh không trả lời nên Việt nhắn tin cho ông Nguyễn Mai Dương, Chánh Văn phòng Bộ KH&CN. Theo hướng dẫn của ông Dương, Việt đến trụ sở Bộ KH&CN và được ông Dương dẫn vào phòng làm việc của ông Chu Ngọc Anh. Việt và ông Chu Ngọc Anh ngồi tại khu vực bàn tiếp khách trao đổi các nội dung về công tác phòng, chống dịch, đặc biệt là kết quả phòng chống dịch của Công ty Việt Á.
Khoảng hơn 15 phút sau, Việt mở balô và lôi ra túi quà màu xanh có in website và số điện thoại hotline của Công ty Việt Á (trong đó có 200 nghìn USD cùng với một vài bộ khẩu trang và chai nước rửa tay khô dạng xịt của Công ty Việt Á sản xuất) lấy khẩu trang và chai nước rửa tay ra và trao đổi với Chu Ngọc Anh về tính năng, cách sử dụng.
Sau đó, Việt bỏ khẩu trang và chai nước rửa tay vào túi, nói với ông Chu Ngọc Anh: "Tụi em mới có được ít thanh toán, ghé cám ơn anh đã ủng hộ tụi em tham gia đề tài và hỗ trợ tụi em rất nhiệt tình. Nếu tình hình tốt, sắp tới em sẽ ghé thăm anh tiếp”. Sau đó, Việt để lại túi màu xanh của Công ty Việt Á dưới chân bàn và ra về.
Số tiền 200 nghìn USD do Việt chỉ đạo Hồ Thị Thanh Thảo, thủ quỹ của Công ty Việt Á rút ra đưa cho Việt mang từ TP Hồ Chí Minh ra Hà Nội. Việt đưa tiền cho ông Chu Ngọc Anh với mục đích cảm ơn ông này đã tạo điều kiện cho Công ty Việt Á tham gia Đề tài nghiên cứu, chế tạo kit xét nghiệm và không đề xuất biện pháp thu hồi khi Công ty Việt Á sử dụng kit xét nghiệm là kết quả nghiên cứu đề tài thuộc sở hữu của Nhà nước để lập hồ sơ đăng ký, được Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành, sản xuất kinh doanh trái pháp luật.
Với vai trò Bộ trưởng Bộ KH&CN (đến hết ngày 11/11/2020), ông Chu Ngọc Anh biết rõ quyền sở hữu, quyền sử dụng kết quả nghiên cứu đề tài thuộc sở hữu Nhà nước do Bộ trưởng Bộ KH&CN làm đại diện chủ sở hữu cho đến khi nghiệm thu, báo cáo với cơ quan thẩm quyền theo quy định của Luật KH&CN, Luật Quản lý tài sản công và quy định của pháp luật có liên quan; biết Công ty Việt Á quản lý, khai thác và sử dụng kết quả nghiên cứu đề tài, được Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành, đưa vào sản xuất thương mại phục vụ phòng, chống dịch bệnh COVID-19 không đúng quy định của pháp luật, xâm hại quyền sở hữu, quản lý tài sản của Nhà nước do Bộ KH&CN là đại diện chủ sở hữu nhưng không thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý theo quy định tại Khoản 3, Điều 74 Luật KH&CN; không thực hiện xử lý kết quả Đề tài nhiệm vụ khoa học và công nghệ theo Khoản 1, Điều 29 Nghị định số 70/2018/NĐ-CP ngày 15/5/2018 “Thực hiện quyền của chủ sở hữu đối với tài sản là kết quả của nhiệm vụ ngân sách cấp”.
Đồng thời, ông Chu Ngọc Anh còn để Bộ KH&CN tổ chức họp báo, ra thông cáo báo chí về kết quả nghiên cứu và cấp phép kit xét nghiệm, là sản phẩm nghiên cứu của đề tài cho Công ty Việt Á; trực tiếp ký Quyết định khen thưởng, ký Tờ trình đề nghị Thủ tướng Chính phủ khen thưởng cho Công ty Việt Á và chỉ đạo ông Trần Văn Tùng, Thứ trưởng Bộ KH&CN ký công văn gửi UBND TP Hồ Chí Minh đề nghị giúp Công ty Việt Á được tặng Huân chương Lao động hạng Ba không đúng đối tượng, công trạng, thành tích để hỗ trợ truyền thông, quảng bá hình ảnh, tạo điều kiện cho Công ty Việt Á biến kit xét nghiệm từ sản phẩm nghiên cứu thuộc sở hữu Nhà nước thành sản phẩm thương mại thuộc sở hữu của Công ty Việt Á, giúp Công ty Việt Á sản xuất, kinh doanh, thu lợi bất chính, gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước, tổ chức, cá nhân.
Số tiền 200 nghìn USD Việt đưa cho ông Chu Ngọc Anh được xác định là yếu tố “vì vụ lợi”, quy định tại điểm a, khoản 2, Điều 219 Bộ luật hình sự.
Như vậy, hành vi của ông Chu Ngọc Anh đã phạm vào tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", quy định tại Khoản 3, Điều 219 Bộ luật hình sự, gây thiệt hại tài sản Nhà nước 18,98 tỷ đồng (tiền ngân sách Nhà nước cấp phục vụ nghiên cứu đề tài, là giá trị tối thiểu của tài sản hình thành qua nghiên cứu đề tài); liên đới gây thiệt hại tài sản Nhà nước (số tiền gây thiệt hại và hưởng lợi bất chính của Công ty Việt Á từ việc tiêu thụ kit xét nghiệm trong thời gian từ ngày 4/3/2020 đến ngày 3/12/2020).